万历四十二年(1614年),朝廷敕赐海会寺新名“万善寺”,并颁大藏经卷,但丹阳民间仍习惯称“海会寺”。同一时期,丹阳地方人士为“镇风水”,在丹阳东门古运河畔兴建宝塔,因此地临近万善寺,修建的宝塔被命名为“万善塔”。明天启末年,丹阳开工建万善塔,至明崇祯十年(1637年)建成。塔身7层,高47.76米,为木檐楼阁式,平地而起,直上苍穹,故又称"通天塔"。按层建成塔室,外观为8面,各层均有外廊。各室架有木梁,上铺楼板,有木扶梯按层折上。
万善海会寺建成后,一度香火旺盛,1644年,明朝灭亡,清朝建立,万善海会寺正常运行。清康熙二十年,寺庙大殿毁于火灾,僧宝相募建。此后的100多年,中国经历了康乾盛世,社会稳定,经济繁荣,万善海会寺得到了快速发展,高僧辈出,寺名远播数百里。至清朝末年,太平天国农民起义爆发,咸丰庚申(1860年),天平军攻占丹阳城,县城遭到严重破坏,在这次战火中,万善海会寺遭到毁灭性破坏。
同治四年(1864年),丹阳重新被清军占领,这时的万善海会寺已是“荆棘纵横,瓦砾堆积”。上升授权宽鸿重新募建,历尽艰辛,从同治六年(1866年)至光绪九年(1883年)这十八年中,恢复了寺庙百分之九十的建筑,只有藏经楼尚未告成。为了表彰功德,启迪后人,第二年,丹阳地方绅士徐锡麟等人特意撰文并刻写了《重建万善禅寺碑记》,竖立在寺内。碑高2.5米,碑宽0.50米,碑首雕刻着“二龙戏珠”图案,上刻“十方常住,重建碑记”八个楷体大字。到抗日战争爆发前夕,万善海会寺寺院保存完好,时为丹阳名寺之一。
新海会寺于2009年11月18日正式奠基动工,新建海会寺位于万善塔之东南地块,呈倒梯形,总用地面积约95.9亩,总建设面积63983平方米,总投资约1亿元。海会寺西北侧还将与
万善公园的水面相通,由桥梁沟通,其他三面均与城市道路相接。由于采用与传统佛寺制式有传承的轴对称格局,寺庙以对称轴为中心依次展开
而此次院方运用了60只KSOUND MD系列音箱
、SAILTEN无线会议通信、BOSWELL博士威尔的发言系统用来构造整个音频系统。经过院方实际讲经使用后,一致高度评价了这套系统。